Arbeidsdelingen mellom de to delene av Norges Bank var i utgangspunktet nokså klar. Norges Bank i London hadde hånd om de internasjonale reservene og var regjeringens bank og rådgiver. Norges Bank i det okkuperte Norge arbeidet videre i den krevende situasjonen okkupasjonen skapte slik at det økonomiske livet i Norge kunne fortsette. Samfunnet trengte betalingsmidler, og det var behov for å understøtte handelen med utlandet. I noen situasjoner oppstod det vanskeligheter.

Forvirring rundt to institusjoner med samme navn  

I juni 1940 mottok Bank for International Settlements (BIS) først en anmodning fra Norges Bank i Tromsø om å overføre midler til den norske ambassadøren i Bern. Midlene skulle brukes til å betjene norsk statsgjeld i Sveits. Noen dager senere kom et telegram fra Norges Bank i Oslo med anmodning om at utbetalingen av utbytte på Norges Banks aksjer i BIS skulle utbetales i svenske kroner og godskrives Norges Banks konto i Sveriges Riksbank i Stockholm. BIS mottok dermed henvendelser fra to kanter som begge hevdet å representere Norges Bank. BIS bestemte seg for å fryse Norges Banks tilgodehavender i BIS, inkludert utbytte på bankens aksjer, til etter krigen. Behandlingen av det norske tilfellet ble retningsgivende for BIS' håndtering av tilsvarende saker. 

Rundskrivet fra Norges Bank i London i juli 1942

I juli 1942 sendte sentralbanksjef Ræstad i London ut et rundskriv til de øvrige sentralbankene der han slo fast at det var direksjonen i London som representerte Norges Bank, ikke Norges Bank i Oslo. Denne ble karakterisert som en de facto institusjon som tyskerne måtte ta ansvaret for. Rundskrivet skapte oppstyr.  Finansdepartementet ga uttrykk for at de burde ha vært orientert på forhånd. I Norges Bank i Oslo skapte rundskrivet sterke reaksjoner fordi teksten kunne skade forbindelsene mellom Norges Bank i Oslo og utlandet. Norges Bank i London valgte å trekke rundskrivet tilbake.

Etter krigsutbruddet ble det innført clearingavtaler med Sverige, Finland, Danmark og til en viss grad med de okkuperte landene i Europa. Clearingen med Sverige ble gjort opp på Norges Banks konto i Riksbanken i Stockholm. Handelen mellom Norge og Sverige under krigen var en handel mellom det okkuperte Norge og Sverige med clearing administrert fra Norges Bank i Oslo og ikke Norges Bank i London. Sveriges Riksbank ønsket å avklare hvem som var ansvarlig for denne kontoen. På det tidspunktet rundskrivet blir skrevet, hadde Norges Bank i Oslo opparbeidet betydelig kreditt hos Riksbanken. 

Clearingen med Tyskland var sentralisert i Berlin. Norges Bank måtte passe på at tyskerne ikke misbrukte ordningen slik at Norge betalte for import som ikke skulle føres over clearing. Clearingkursen på Reichsmark var antakelig overvurdert slik at dette innebar indirekte overføringer fra Norge til Tyskland.

Komiteen som gransket Norges Banks virksomhet i okkupasjonstiden, kritiserte Norges Bank i London for det omtalte rundskrivet, forøvrig den eneste episoden som ble gjenstand for kritikk. 

Hjemmefrontens behov for norske sedler 

Sommeren 1942 ble Norges Bank kontaktet av Hjemmefronten. Henvendelsen ledet til at Gunnar Sønsteby (Nr. 24) i september fikk «låne» trykkplater til 10- og 100-kronesedlene fra seddeltrykkeriet i Norges Bank. Han smuglet disse umiddelbart til Stockholm der de ble kopiert. Dette skjedde på initiativ fra finansminister Paul Hartmann i London. Hjemmefronten i Norge trengte penger for å finansiere sin virksomhet. Seddeltrykkeriet i Oslo ville ikke «låne ut» trykkplatene før de fikk en bekreftelse fra London-regjeringen. Bekreftelsen ble ordnet i et brev til Norges Bank i Oslo fra Toralv Øksnevad, kjent under krigen som "stemmen fra London". Etter kopiering ble trykkplatene fraktet tilbake til seddeltrykkeriet i Oslo, og ingen merket at de hadde vært borte. Kopiene ble sendt til London.

På instruks fra finansdepartmentet trykket deretter seddeltrykkeriet Waterlow & Sons Ltd. i England omlag 20 millioner kroner i samme type 100-kronesedler som sirkulerte i det okkuperte Norge. Trykkingen av disse 100-kronesedlene var trolig basert på kopiene som var sendt fra Stockholm. Sedlene var ment for Hjemmefronten og om lag en tredjedel av beløpet ble ført over til Sverige og skulle derfra smugles videre til Norge. Men siden de trykte sedlene ikke var perfekte i fargetonen, nølte myndighetene med å sette planen fullt ut i verk. Tyskerne kunne få tak i sedlene, oppdage at de var "falske" og komme på sporet av de som hadde satt dem i omløp. Et lite parti ble likevel levert til Hjemmefrontens ledelse. Etter at frigjøringen av Finnmark var begynt, ble det ved Vardø avdeling, som da holdt til i Vestre Jakobselv, byttet et par millioner kroner mot tilsvarende beløp i ekte sedler. De ekte sedlene ble smuglet inn i det okkuperte Norge via Stockholm. Et par millioner av de "offisielt godkjente falske sedlene" kom i sirkulasjon nordpå etter frigjøringen av Finnmark i 1944.

Forberedelser til gjenreising av pengesystemet etter krigen

Norges Bank i London begynte allerede i 1942 å legge planer for gjenreising av pengesystemet i Norge etter krigen. Hele seddelmassen skulle skiftes ut og erstattes med sedler utstyrt med kong Haakon VIIs mongram. Seddeltrykkeriet Waterlow & Sons Ltd. trykket i løpet av krigen to slike serier med sedler på oppdrag av London-regjeringen. I 1942 ble det laget "omvekslingssedler" utstyrt med H-7 monogram og vannmerke med portrett av Fridtjof Nansen. Serien omfattet også skillemyntsedler. I 1944 ble det trykket en serie 100-,50-, 10- og 5-kroner påstemplet "krigssedler", som skulle settes i sirkulasjon i de befridde områdene ved en eventuell militær gjenerobring av Norge.

Noen av London-sedlene trykket i 1944 ("krigssedlene")  kom i sirkulasjon i Norge. Omvekslingssedlene, trykket i 1942, ble ikke satt i sirkulasjon i det hele tatt.  

Norges Bank i Oslo startet også tidlig med forberedelsene til omveksling av den sirkulerende seddelmassen etter at krigen var slutt. Oslo-planen stemte godt overens med regjeringens plan for pengesaneringen etter krigen. "Ombyttingssedlene", kjent som 3. utgave 1945-1954, fikk en forenklet utforming og ble satt i omløp fra 9. september 1945.